آگار پلی ساکارید ناهمگنی است که از مونومرهای D-galactose، و anhydro-L-galactose تشکیل شده است. ترکیب اصلی ای که مسئول خاصیت ژل سازی قوی آن است آگاروز نام دارد. ماده دیگری که باعث چنین خاصیتی میشود آگاروپکتین نام دارد. آگاروز یک نوع گالاکتان خطی است.

مقدار انیدروگالاکتوز در ترکیب شیمیایی آگار زیاد است. همچنین گروه های عامل استر سولفاتی که خاصیت آبگریزی را افزایش می دهد در آن وجود ندارد. در نتیجه این مولکول دارای قدرت ژل سازی بسیار قوی است. این قدرت ارتباطی به غلظت کاتیون های موجود در محلول ندارد. همچنین مقدار سولفات در این ماده کمتر از 5/4 درصد است که نسبت به مقدار آن در انواع کاراگینان خیلی کم است.

ساختار مولکول D-galactose

نحوه پیوند مولکول های D-galactose و ۳,۶-anhydro-α-L galactose برای تشکیل آگاروز

برای حاصل شدن نتیجه بهتر موارد زیر را رعایت کنید:

• اگر محلول آگار، اسیدی یا دارای ترکیبات اکسید کننده نباشد، فرآیند ژلی شدن آن را میتوان بصورت برگشت پذیر به دفعات تکرار کرد.
• تشکیل شبکه مولکولی آگاروز که از طریق پیوند هیدروژنی به هم متصل شده اند، عامل ایجاد خاصیت ژلی آگار میباشد. در نتیجه، توجه داشته باشید که وجود گیرنده های پروتون به دلیل تشکیل پیوند هیدروژنی، از تشکیل ژل جلوگیری میکند. (گیرنده های پروتون مانند آیودید پتاسیم، گوآنیدین، یوریا و سدیم تیوسیانات)
• آگار در دمای بالا و تماس با محیط اسیدی هیدرولیز می شود. بنابراین در محصولاتی که pH کمتر از 5 دارد بهتر است تنها در لحظه ی تشکیل ژل، pH را کاهش داد.
• بیشترین قدرت ژل سازی آگار، با اختلاط 8% آگار و 10% ال بی جی کالاکتومانان یا کنیاک گلوکومانان بدست می آید.
• گام کارایا، تانیک اسید یا پنتادیاگانویل گلوکز که در میوه هایی مثل به، سیب و پلومز وجود دارد قدرت ژل سازی آگار را کاهش میدهد. زیرا این نوع مواد همانند گیرنده پروتئین عمل می کنند. ولی این مشکل را می توان با افزودن مقدار کمی گلیسرول برطرف کرد.